Telefón M6s používa čip Exynos 7872 od spoločnosti Samsung. Šesťjadrové CPU zaisťuje telefónu skvelý výkon za každých okolností. A M6s je tiež prvým telefónom celej M-série, ktorý obsahuje jadra Cortex-A73.
14nm FinFET procesor bol priamo navrhnutý pre OS Flyme 6,
Vďaka čomu telefón funguje rýchle, presne a výkonne.